随着我国税收制度的不断完善和税收征管手段的加强，企业代理申报税争议的税务审计成为税务管理的重要组成部分。本文将详细介绍深圳企业代理申报税争议的税务审计如何进行，旨在帮助读者了解相关流程和注意事项。

审计准备阶段

1. 确定审计对象：税务审计部门根据企业代理申报税的争议情况，确定审计对象，包括企业代理申报的税种、时间范围等。

2. 收集资料：审计部门收集与企业代理申报税相关的资料，如申报表、财务报表、合同等。

3. 制定审计方案：根据审计对象和收集到的资料，制定详细的审计方案，明确审计目的、范围、方法等。

4. 通知企业：提前通知企业进行税务审计，并要求企业提供必要的配合。

审计实施阶段

1. 现场审计：审计人员到企业现场，对企业财务人员进行询问，了解企业代理申报税的情况。

2. 查阅资料：审计人员查阅企业提供的申报表、财务报表、合同等资料，核实申报数据的真实性。

3. 核对账目：审计人员对企业账目进行核对，确保账目与申报数据一致。

4. 分析异常情况：对审计过程中发现的异常情况进行分析，找出争议原因。

5. 取证：对争议问题进行取证，包括询问、查阅资料、实地调查等。

审计报告阶段

1. 撰写审计报告：审计人员根据审计结果，撰写审计报告，包括审计过程、发现的问题、处理意见等。

2. 提交报告：将审计报告提交给税务审计部门，由其进行审核。

3. 反馈意见：税务审计部门对审计报告进行审核后，将意见反馈给企业。

4. 整改落实：企业根据审计意见进行整改，落实税务审计部门的要求。

争议解决阶段

1. 协商解决：企业可以与税务部门进行协商，争取达成一致意见。

2. 申请行政复议：如果协商无果，企业可以向税务机关申请行政复议。

3. 提起行政诉讼：在行政复议无效的情况下，企业可以向人民法院提起行政诉讼。

税务审计对于解决企业代理申报税争议具有重要意义。本文从审计准备、实施、报告和争议解决等方面进行了详细阐述。为了提高税务审计的效率和效果，建议以下措施：

1. 加强审计人员培训：提高审计人员的专业素质和业务能力。

2. 完善审计制度：建立健全税务审计制度，规范审计流程。

3. 提高企业配合度：加强与企业沟通，提高企业对税务审计的配合度。