本文旨在探讨深圳企业在代理报税过程中，如何处理税务申报抵扣争议，特别是调解协议书争议的解决途径选择。文章从争议调解协议书的基本概念、争议解决途径的多样性、法律依据、实际操作步骤、风险防范以及企服快车的专业服务见解等方面进行详细阐述，旨在为企业提供有效的争议解决策略。

一、争议调解协议书的基本概念

争议调解协议书是指在税务申报过程中，因抵扣问题产生的争议，通过调解达成一致意见后，双方签署的具有法律效力的文件。它明确了双方的权利和义务，对于维护税收秩序、保障企业合法权益具有重要意义。

二、争议解决途径的多样性

1. 内部协商：企业首先应尝试与税务机关进行内部协商，通过沟通解决争议。这种方式成本较低，效率较高，但可能存在沟通不畅、意见分歧等问题。

2. 调解：当内部协商无法达成一致时，可以选择调解方式。调解是由第三方中立的调解机构或调解员介入，协助双方达成协议。调解具有灵活性，但可能需要支付一定的调解费用。

3. 仲裁：仲裁是一种较为正式的争议解决方式，由仲裁机构根据仲裁规则和程序进行裁决。仲裁裁决具有法律效力，但仲裁费用较高，且仲裁程序较为复杂。

三、法律依据

处理税务申报抵扣争议调解协议书争议，需遵循《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国仲裁法》等相关法律法规。这些法律法规为争议解决提供了法律依据和程序保障。

四、实际操作步骤

1. 收集证据：在争议发生时，企业应积极收集相关证据，包括税务申报资料、合同、发票等，以证明自己的主张。

2. 选择争议解决途径：根据争议的性质和规模，选择合适的争议解决途径。

3. 签署调解协议书：在调解过程中，双方应就争议事项达成一致意见，并签署调解协议书。

4. 执行调解协议书：调解协议书签署后，双方应按照协议约定履行各自义务。

五、风险防范

1. 证据保全：企业在处理争议时，应注重证据的收集和保全，确保证据的真实性和有效性。

2. 专业咨询：在争议解决过程中，企业可寻求专业律师或税务顾问的帮助，以降低风险。

3. 合规操作：企业应严格按照税收法律法规进行税务申报，避免因违规操作引发争议。